Merkostnadsanalyser som behöver göras vid skolskjuts har genom åren höjt en del ögonbryn. Det kan uppfattas svårt och komplicerat och man behöver göra det några gånger innan man fattar hur det fungerar. Därtill tillför de olika trafikslagen, Linjebuss, skoltaxi och upphandlad linjetrafik olika problem.
Just när det kommer till upphandlad linjetrafik blir merkostnadsanalysen lite komplex då det ibland är svårt att styrka merkostnaden för att just det barnet som ansökan avser kommer genrerna en merkostnad. Det finns ett gäng metoder att hantera detta och en testades nyss av Kammarrätten i Stockholm. I målet 7915-23 beskrev Enköping kommun att om de skulle hämta dessa barn med upphandlad skolbuss så skulle den behövas dras om för att uppnå rimlig trafiksäkerhet och därmed uppstod merkostnad och rätten till skolskjuts uteblir
